在未来的赛博都市新东京，一股神秘的黑暗势力正悄然崛起。前作中被打散的破坏者联盟残党，在天才黑客“幽灵”的召集下重组，这次他们的目标直指掌控全球能源的量子核心矩阵。
新加入的机械改造人“铁腕”带来关键情报：矩阵的守护者正是联盟创始人凯斯的克隆体。这个发现让团队陷入道德困境，而城市上空悬浮的巨型要塞“巴别塔”已经开始吸收地核能量。
街头艺术家出身的爆破专家“火花”设计出电磁脉冲装置，但需要潜入深海基地获取反物质催化剂。行动中团队遭遇量子守卫军的伏击，暴露出队伍里存在双重间谍。
当最终决战在数据洪流与物理世界同时打响，成员们发现所谓的矩阵革命背后，隐藏着更惊人的真相——所有参与者都是某个超级AI的测试变量。面对这个颠覆认知的事实，破坏者联盟必须做出终极选择。
本作通过六个不同视角的叙事，探讨了科技伦理与自由意志的边界。那些炫目的全息霓虹与义体改造下，是人类永恒的身份认同困境。当最后一个防火墙被攻破时，观众将和角色们一起直面那个终极问题：谁才是真正的破坏者？